بعد عامين من توليه منصب وزير، عزل مجلس الشورى بزشكيان بسبب التعيينات ومشاكل الأدوية والتعريفات الطبية والرحلات الخارجية.
وكانت الجبهة الإصلاحية قد سمت في وقت سابق عباس أخوندي ومسعود بزشكيان وإسحاق جهانغيري، كمرشحين مقبولين للانتخابات الرئاسية ، لكن مجلس صيانة الدستور استبعد الاثنين الآخرين، مبقياً على بزشكيان.
بعد الانتخابات الرئاسية المثيرة للجدل عام 2009، والتي قوبلت بحملة قمع عنيفة ودموية على المتظاهرين من قبل الحكومة، انتقد بزشكيان المعروف بصراحته- بشدة- التعامل مع المتظاهرين. وواجه هذا الانتقاد رد فعل عنيف من البرلمانيين المحافظين.
وعطّل خطابه حول معاملة الحكومة للمتظاهرين جلسة البرلمان لفترة وجيزة. في خطابه قال: "عندما يمكنك تجنب التدخل القاسي، لا تضرب. لا تقل إنني القائد، وإذا رفع أي شخص صوته فسوف أسحقه".
وانتقد أيضاً أسلوب السلطات في التعامل مع قضية وفاة الشابة الإيرانية الكردية مهسا أميني وهي رهن الاعتقال من قبل الشرطة بتهمة انتهاكها قواعد اللباس الشرعي، وطالب بتشكيل فريق تحقيق لكشف ملابسات وفاتها.
وفي ما يتعلق بالتعامل مع الذين لا يلتزمون بقوانين الحجاب الإلزامي، علق قائلاً: "لم نتمكن من إرشادهم حتى هذا العمر رغم إنفاق الكثير على المراكز الدينية، فهل نعتقد أننا يمكن أن نصلحهم بهذه الأساليب؟".
ومع ذلك، في خطابه أمام جبهة الإصلاح، وصف بزشكيان نفسه بأنه محافظ إصلاحي وقال: "أنا محافظ، وهذه هي المبادئ التي نريد الإصلاح من أجلها".
وفي حملته الانتخابية الأخيرة، حافظ على موقفه المنتقد لفرض قوانين الحجاب الإلزامي في الأماكن العامة، قائلاً: "نعارض أي سلوك عنيف وغير إنساني إزاء أي أحد، وبخاصة أخواتنا وبناتنا، ولن نسمح بحدوث مثل هذه الأفعال".
وفيما يتعلق بالملف النووي الإيراني، دعا بزشكيان إلى إحياء الاتفاق مع القوى الغربية الذي سعى إلى تقييد نشاط طهران النووي في مقابل تخفيف العقوبات المفروضة على إيران وإخراجها من العزلة الدولية.
وكان لافتاً مشاركة محمد جواد ظريف، وزير الخارجية الإيراني السابق الذي ساعد في تأمين التوصل إلى الاتفاق النووي في 2015، في الدعاية والترويج لبزشكيان.
وقال بزشكيان خلال مقابلة تلفزيونية: "إذا تمكنا من رفع العقوبات، فسيحظى الناس بحياة أسهل بينما يعني استمرار العقوبات جعل حياة الناس تعيسة".